Raman tools: your code assistant

Raman tools，顾名思义，就是从事拉曼光谱研究过程中可以使用的工具。在开展实验的过程中，数据处理往往是一个较为繁琐，但又无法跳过的一个步骤。因此，本文的主要目的是通过构建可供简易使用的工具库，实现实验室常见的拉曼光谱数据的处理过程，从而让使用者可以更专注于自己研究的领域当中。

1. 本系列包含的内容

本系列主要包含以下内容：

1. 本文：用作索引页，已经更新完成的内容会以链接的形式逐步更新到本文中；用作requirement页面，展示使用本工具时需要的python依赖库，需要读者安装使用；
2. 拉曼光谱的导入：导入数据及初步处理用工具包；
3. 拉曼光谱的预处理：主要包含单光谱的处理，如常见的三件套处理（去基线，降噪，去宇宙射线），并存储处理参数；
4. 多光谱数据的处理：主要包含多光谱的统计分析和可视化分析工具；
5. Flash Raman软件介绍：以上功能已经初步集成为一个可以直接使用的.exe软件文件，该部分将对该软件进行介绍。

此外，本系列未来会持续更新拉曼部分领域的研究内容（代码/模拟相关），可供拉曼领域研究者参考。

本系列包含的工具函数名及其作用如下表所示，读者可以查看该工具包是否包括您需要的工具：

函数名	函数作用
Ramanshift_Cal	波长-拉曼位移转换器，将波长转换为拉曼位移
Wavelength_Cal	拉曼位移-波长转换器，将拉曼位移转换为波长
get_spectrum	读取光谱文件（暂时支持.asc，.txt，.csv，.sif格式的光谱文件读取），生成DataFrame格式光谱数据
get_spectrum_from_folder	从文件夹中批量读取光谱文件（排序按照文件名称顺序）
save_spectrum	保存光谱数据
plot_spectrum	使用光谱数据绘制简单的光谱图像

2. 写作进度（持续更新）

下面列举本系列写作进度，写作完成的文章链接也会更新在此处（按小节划分）（主要作用是逼自己一把）：

• 拉曼光谱的导入：Load your spectrum data

  • 支持的拉曼光谱格式；
  • 支持的拉曼光谱格式，及数据表现形式；
  • 拉曼光谱的绘图函数；
  • 其他（如光谱数据的生成）；
• 拉曼光谱的预处理
  • 预处理参数的存储；
  • 拉曼光谱去基线功能；
  • 拉曼光谱降噪功能；
  • 拉曼光谱去宇宙射线功能；
  • 光谱一键预处理；
• 多光谱数据的处理
  • 多光谱数据的批量处理；
  • 多光谱数据的统计性分析；
  • 常用多光谱可视化工具；
• Flash Raman软件介绍
  • 构建软件的初衷；
  • 软件说明书；
  • python制作软件小tips。
• more…

3. Requirement

本工具基于python进行编写，在github页面会提供两个版本的代码（.py以及.ipynb），供不同编程习惯的人使用。本人强烈推荐使用jupyter notebook（或jupyter lab）作为编程主要IDE使用，因为该工具方便即时、逐步查看代码运行结果，方便代码调试使用。同样的，本文也会更新代码使用简单示例，便于读者理解。

下面是使用本工具的python依赖包：

pandas
numpy
matplotlib
scipy
natsort
seaborn
sif_parser

若使用这些工具库仍旧出现编译错误，请联系作者更新工具库。

以上就是本系列的开篇，该工作算是作者进入研究生生活前的一个前序工作，希望能够顺利完成更新！希望这个工作不仅能够方便我自己的使用，还能够帮助从事拉曼领域研究的你，共勉！